馮時行少時讀于巴縣縉云山寺，得中北宋徽宗宣和六年（1124）恩科狀元。以忤當道，當為云安（今重慶市云陽縣）尉。南宋建炎元年至三年（1127—1129）調任奉節尉調，建炎四年至紹興四年（1134），調任江原丞，任職期中，顯露才華，深受川陜撫諭楊愿器重，極力推薦，旋擢左奉禮郎。紹興五至六年知丹梭縣。紹興七年（1137）奉召入京任左朝奉議郎（皇帝身邊咨詢官）。時金兵已占汴梁（北宋都城今開封）十載。時行力主抗金，于紹興八年晉見高宗，呈上《請分兵以鎮荊襄疏》，奏金人議和不足信，請選大臣重兵鎮荊，使岳飛得以專力致于江漢間。被主張和議的高宗斥之為“杯羹之語”。紹興九年（1139），出任萬州知府，鎮邪鋤惡，為民除害，惠農勸學，為地方積蓄了一批錢財。紹興十一年（1141），轉運判官李炯，企圖以提取萬州大量積錢，向朝廷獻媚固寵，率500飛虎軍強行提取，時行堅決反對，被提刑何麒彈劾，罷官削職，除名《大宋狀元錄》，輾轉流離萬州、開江間近兩年。

紹興十四年底由萬州回到家鄉樂磧，氣憤之下，將原籍“樂磧”改為“落磧”（今洛磧得名緣由）。稍后，到縉云山置田地，建房辦學，“坐廢”十七年之久。直到秦檜死后，紹興二十七年（1157），馮時行才又復起知蓬州（今四川蓬安縣）。紹興二十八年（1158）冬，又薦知黎州（今四川漢源）；紹興三十一年（1161），金人背盟，馮時行被高宗再次召見，上《請易田師中用張浚、劉綺疏》，疏中說：“自古未有人主退而能使天下進，人主怯而能使天下勇，今之形勢，愿陛下舍一己之好惡，勉用張浚、劉綺、李顯忠等將領抗金。”并提出“宜省官吏，減州郡冗卒”。擢右朝請大夫，提點成都府刑獄，經劃邊事，卓有功績。孝宗隆興元年（1163）逝世于雅州（今雅安），時年63歲。死后被追為“古城侯”，初葬雅州古城，后移葬巴縣魚嘴沱（今江北區魚嘴鎮）。

乾道五年（1169），雅州（今四川雅安）民眾曾斥錢七十萬，為馮時行立祠廟。《古城馮侯廟碑》載：“大眾斥七十萬錢，縛屋二十五盈，中為堂，塑侯像，挾以兩廡，民歲時歌舞其下，水旱厲疾，必禱侯。”馮時行故鄉洛磧有“縉云故里”、“狀元井”、“狀元橋”等紀念建筑。